Forskningsingenjör inom bioinformatik

Beskrivning av arbetsplatsen Anställningen är placerad vid avdelningen för bioteknik och teknisk mikrobiologi vid Institutionen för processteknik och tillämpad biovetenskap, LTH, Lunds universitet. Här bedrivs forskning och utbildning inom mikrobiologi, bioinformatik och tillämpad bioteknik. Du kommer att ingå i en forskningsmiljö med nära handledning och samarbete kring dataintensiva frågeställningar inom mikrobiom och antibiotikaresistens. Arbetsplatsen finns på Kemicentrum i Lund och arbetet sker i nära samverkan med forskare med kompetens inom bioinformatik, mikrobiologi och beräkningsmetoder. Anställningen finansieras av ett externt projekt från Crafoordstiftelsen och syftar till att etablera en ny forskningslinje kring spårning av antimikrobiell resistens på stamnivå med hjälp av metagenomikdata. Projektet omfattar metodutveckling, pilotanalyser och benchmarking som underlag för framtida större ansökningar. Vi arbetar strukturerat med handledning, dokumentation och reproducerbara arbetsflöden och eftersträvar en inkluderande arbetsmiljö med goda möjligheter till lärande och kompetensutveckling. Vi erbjuder Lunds universitet är en statlig myndighet vilket innebär att du får särskilda förmåner, generös semester och en förmånlig tjänstepension. Hos oss får du möjlighet att arbeta i gränslandet mellan bioinformatik, mikrobiologi och metodutveckling i ett växande forskningsområde. Du får tillgång till handledning, etablerade analysmiljöer samt möjlighet att arbeta med storskaliga data i Linux- och HPC-miljö. Läs mer på universitetets webbplats om att vara anställd hos oss. Arbetsuppgifter och ansvarsområden Som forskningsingenjör kommer du att arbeta med behandling och kvalitetskontroll av större metagenomikdataset, köra etablerade bioinformatiska arbetsflöden för detektion av antimikrobiell resistens, organisera och dokumentera analysflöden samt bidra till pilotanalyser, benchmarking och metodutveckling inom projektet. Arbetet sker i nära samarbete med ansvarig forskare. Kvalifikationer Krav för anställningen är: Du har högre utbildning inom relevant ämnesområde, till exempel bioinformatik, bioteknik, databiologi eller motsvarande område. Du har god förmåga att kommunicera på engelska, både i tal och skrift. Du har goda kunskaper i bioinformatik, beräkningsbiologi eller närliggande område. Du har erfarenhet av analys av metagenomikdata eller närliggande omikdata. Du är analytisk, noggrann, självgående och har god samarbetsförmåga. Du har erfarenhet av Linux, skriptning och arbete i HPC-miljö.

Meriterande för anställningen är: Det är meriterande om du har kunskap om mikrobiomforskning, AMR-detektion eller relaterade bioinformatiska verktyg. Det är meriterande om du har erfarenhet av reproducerbara analysflöden, versionshantering och dokumentation av pipelines. Det är meriterande om du har ytterligare utbildning eller kurser inom mikrobiologi, statistik eller data science. Det är meriterande om du har ett tydligt intresse för metodutveckling och strukturerat arbete med stora datamängder. Det är meriterande om du har erfarenhet av benchmarking av bioinformatiska metoder och arbete med offentliga sekvensdatabaser.

Hänsyn kommer att tas till hur den sökande genom sin erfarenhet och kompetens bedöms komplettera och stärka det administrativa arbetet inom avdelningen/institutionen samt bidra till dess framtida utveckling. Övrigt Anställningen är en särskild visstidsanställning under 6 månader med omfattningen 100 procent, med tillträde snarast eller enligt överenskommelse. Anställningen är knuten till ett externt finansierat forskningsprojekt. Placering är vid Kemicentrum i Lund. Så här söker du Ansökan ska innehålla CV och personligt brev med motivering till varför du är intresserad av anställningen och på vilket sätt anställningen matchar dina meriter. Ansökan bör även innehålla utbildningsintyg, kursintyg, examensbevis eller motsvarande dokumentation samt övrigt som du önskar åberopa, till exempel kopior av betyg, uppgifter till referenser eller rekommendationsbrev. Välkommen med din ansökan! LTH – Lunds Tekniska Högskola – är en del av Lunds universitet. På LTH utbildar vi människor, bygger kunskap för framtiden och arbetar hårt för att utveckla samhället. Vi skapar utrymme för briljant forskning och inspirerar till kreativ utveckling av teknik, arkitektur och design. Här läser närmare 12 000 studenter. Varje år publicerar våra forskare – varav många verkar inom världsledande profilområden – omkring 100 avhandlingar och 2 000 vetenskapliga rön. En rad forskningsresultat och studentarbeten förädlas till innovationer. Tillsammans utforskar och skapar vi – till nytta för världen. Vi undanber oss alla kontakter från annonsförsäljare, rekryterings- och bemanningsföretag på grund av statliga upphandlingsregler.